Tanto os cistos quanto os trofozoítos da E. histolytica são facilmente detectados em amostras sólidas, podendo-se utilizar as amostras com mais de 24 horas após a coleta.

Os procedimentos de cultura não são amplamente utilizados para o diagnóstico, mas são úteis para a pesquisa e essenciais para determinar a patogenicidade com base nos zimodemos.

Os exames de detecção do antígeno por enzimaimunoensaio, embora sejam bastante utilizados pela alta sensibilidade, são pouco específicos.

Os cistos de E. histolytica são esféricos, como diâmetro de 80-120 μm, apresentando de 6 a 8 núcleos.

O melhor método para diferenciação da E. histolytica e E. dispar é a análise morfológica diferencial dos cistos.