o objetivo do tratamento é manter o T4 ou T4 livre na metade superior do valor de referência do exame e o TSH suprimido.

o tratamento de escolha deve ser feito com tri-iodotironina (T3), pois este é o hormônio biologicamente ativo.

a absorção da levotiroxina (L-T4) é reduzida com a ingestão de alimentos e preparações contendo ferro ou cálcio.

antes de iniciar o tratamento, devem-se fazer exames para avaliar a etiologia do hipotireoidismo congênito, devendo-se adiar o início do tratamento até a realização desses exames.

a idade ideal para iniciar o tratamento e evitar dano cerebral é até 20 dias de vida.