Compete ao TCU a fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial da União e das entidades da administração direta, quanto à legalidade e economicidade, bem como quanto à aplicação das subvenções, ou seja, recursos destinados ao aumento do capital de empresas públicas.

O TCU exerce função de jurisdição ao apreciar e julgar as contas do presidente da República, bem como dos administradores e demais responsáveis por dinheiro, bens e valores públicos da administração direta e indireta, incluídas as fundações e sociedades instituídas e mantidas pelo poder público.

A fiscalização operacional do orçamento diz respeito à própria execução do orçamento, pois o patrimônio compõe-se dos bens pertencentes ao Estado, sejam eles de cunho econômico ou não, e as alterações patrimoniais devem ser fiscalizadas pelas autoridades públicas em benefício da preservação dos bens que integram o patrimônio público.

O controle interno incumbe aos Poderes Executivo, Legislativo e Judiciário, cabendo a cada um manter um sistema de controle individual, de acordo com suas características próprias e, ao mesmo tempo, integrar o sistema com o dos outros poderes, a fim de que haja coordenação e uniformização de comportamentos e providências.

Ao TCU compete realizar inspeções e auditorias de natureza contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial, nas unidades administrativas dos Poderes Legislativo, Executivo e Judiciário, desde que haja prévia requisição do Senado Federal.