A biodiversidade remanescente da Mata Atlântica reúne, além de várias classes de animais em extinção, uma vegetação endêmica com espécies de coníferas, aciculifoliadas e mesófilas.

Dos biomas existentes no território baiano, a caatinga ocupa a maior área do estado, é reconhecida como uma grande reserva de biodiversidade única no mundo, onde se destacam plantas endêmicas de caráter xeromorfo e decíduo.

O cerrado, único bioma exclusivamente brasileiro, ocupa a porção centro-oeste do território baiano, é considerado uma área de transição que apresenta um mosaico de ecossistemas intercalados a mais rica flora de savana tropical do mundo.

Os ecossistemas de Mata Ciliar e Floresta Estacional encontram-se distribuídos de forma bem heterogêneas, destacando-se não só pela biodiversidade como também pelo seu potencial hídrico, sendo cortados pelas três maiores bacias hidrográficas da América do Sul.

Apesar de possuir a mais extensa linha de costa do país, o bioma marinho apresenta poucas variedades de ecossistemas, sendo que os manguezais, por se repetirem ao longo do litoral, apresentam a integridade ameaçada em razão do avanço da especulação imobiliária no ambiente marinho.