Os plasmídeos de expressão em E. coli contêm um mesmo promotor para indução do gene de seleção e do gene heterólogo.

Plasmídeos de expressão em E. coli possuem sítios múltiplos de clonagem, que devem estar entre o promotor indutível e a sequência Shine-Dalgarno.

Geralmente contém uma abundância de sítios de restrição que podem ser escolhidos livremente para clonagem, desde que o gene heterólogo contenha um códon de iniciação e de parada da tradução.

Plasmídeos de expressão em células de mamífero que são destinados à integração no genoma requerem origem de replicação derivado de vírus, como SV40 ou Epstein-barr.