O excesso de nutrientes presentes na matéria orgânica proveniente dos sistemas de criação intensivos leva ao rápido consumo do oxigênio dos corpos hídricos e ocasiona o aumento da atividade de organismos anaeróbios.

Os resíduos sólidos provenientes desses sistemas podem ser utilizados como fertilizantes agrícolas, porém os resíduos líquidos não apresentam utilidade para esse fim.

A utilização de biodigestores é inviável no Brasil, pois o custo de transporte da energia é muito caro e não existem alternativas de uso para os gases produzidos, nas operações das granjas.

O uso de adubos químicos tornou os estercos animais obsoletos, portanto estes não possuem mais utilidade para a agricultura e devem ser preferencialmente enterrados.