Os organismos vivos e o meio ambiente abiótico estão inseparavelmente inter-relacionados, porém, não interagem entre si. Portanto, para que ocorra um bom desenvolvimento e sobrevivência dos organismos que estão sendo cultivados, são de fundamental importância as condições do meio em que vivem.

Os sistemas artificiais rasos sofrem somente influência autóctone, que atua nas diversas comunidades e nos fatores físicos e químicos existentes no ecossistema aquático.

A alta densidade de peixes leva à abundante suprimento de O₂ devido à respiração, causando o crescimento em grande quantidade de algas, ou mesmo a morte de outras, que podem provocar altas mortalidades de peixes por alterações na qualidade da água, especialmente a redução do CO₂ dissolvido, que é utilizado na respiração dos organismos do viveiro e na decomposição da matéria orgânica gerada pelo metabolismo.

Os viveiros e represas utilizados na aquicultura comportam-se como sistemas intermediários entre sistemas lênticos e láticos, e a constante entrada e saída de água têm efeito pronunciado na sua dinâmica, como também os fatores climáticos e o arraçoamento diário.