Devido ao seu alto custo, a PCR é empregada somente nos casos de confirmação diagnóstica como, por exemplo, no caso de positividade ou indeterminação no diagnóstico sorológico de HIV.

Na PCR em tempo real, teoricamente existe uma relação quantitativa entre a quantidade inicial de amostra inicial e a quantidade de produto da PCR, em qualquer ciclo. Real-Time PCR detecta o acúmulo de amplicon durante a reação e os dados são computados após o término da fase exponencial de amplificação.

A PCR é empregada somente para regiões conhecidas do DNA devido à necessidade de sintetizar primers específicos para a região que
flanqueia a sequência de interesse.

A metodologia chamada de NAT (Nucleic Acid Technoloy ou Test) está sendo implantada e usada em Hemocentros para diminuição da janela imunológica. Isso acontece porque essa é uma técnica que emprega a PCR quantitativa e avalia a presença do material genético do vírus no sangue dos indivíduos testados.