Quando da entrada da embarcação, a visita das autoridades do porto, constituída exclusivamente por militares da Marinha do Brasil, é a primeira exigência a ser atendida pelas embarcações que demandam o porto. Compete ao representante do Armador as providências necessárias para sua realização, antes de ser a embarcação liberada para as operações de carga e descarga, de embarque e desembarque de passageiros.

É permitido às lanchas, que estiverem a serviço do Armador ou Agente de Navegação, atracar em embarcação mercante fundeada, que seja procedente de porto estrangeiro, sem prévia liberação da Receita Federal, Polícia Federal e Saúde dos Portos.

Livre Prática a Bordo é a autorização emitida pelo Órgão de Vigilância Sanitária Federal competente, especificamente para que uma embarcação procedente do exterior atraque ou inicie as operações de embarque ou desembarque de cargas e viajantes, a partir da avaliação satisfatória das informações apresentadas na Solicitação do Certificado, sem inspeção sanitária, a bordo, no momento da sua emissão.

As embarcações, cujas condições sanitárias não forem consideradas satisfatórias ou que sejam provenientes de regiões onde esteja ocorrendo surto de doença transmissível, deverão permanecer nos fundeadouros de quarentena até liberação pela Saúde dos Portos. O fundeio na zona de quarentena dependerá, ainda, de que as embarcações possuam "tanques de retenção".

É permitido a um navio fundeado em zona de quarentena efetuar descarga de águas servidas, desde que os tanques de dejetos estejam devidamente vedados e tratados quimicamente.