O leite, mesmo o que procede de animais saudáveis, sempre contém uma série de microrganismos cuja taxa é muito variável, dependendo das medidas higiênicas que tenham sido adotadas desde a ordenha, passando pelo transporte, industrialização e comercialização. Os grupos microbianos mais importantes em laticínios podem ser classificados, do ponto de vista funcional (isto é observando os efeitos que podem ter sobre o leite e os produtos lácteos) em: