O controle genético garante a manutenção das colônias, todavia não assegura a uniformidade fenotípica, podendo causar problemas de manutenção e classificação das colônias.

Animais "outbred" ou heterogênicos são animais que variabilidade genética. possibilitam uma grande Entretanto, como os animais estão em ambiente controlado, não é possível mimetizar a reprodução de populações naturais.

Animais "outbred" ou heterogênicos são animais que possuem 99% de heterozigose entre genes alelos. Essa heterozigoze proporciona animais mais robustos, com menor susceptibilidade de variação do meio, porem, devido ao meio de manutenção controlado, não apresentam grande numero de filhotes por ninhada.

Animais "inbred" ou isogênicos, possuem consanguinidade e consequentemente são mais estáveis geneticamente, evitando a ocorrência de mutações espontâneas. Devido a essa característica, os animais são menos férteis e apresentam menor numero de filhotes por ninhada.

As linhagens "inbred" ou isogênicos podem se manter indefinidamente, desde que as regras de acasalamento para essa linhagem sejam seguidas. Entretanto pode haver mutações naturais que ocorrem de maneira espontânea ao longo do genoma.