Em todas as fases de exploração, refino, transporte e distribuição do petróleo podem ocorrer vazamentos e danos ao ecossistema aquático.

Algumas bactérias podem ser utilizadas para transformar os produtos encontrados no petróleo em subprodutos menos danosos ao ecossistema. A utilização de microrganismos, como bactérias e fungos, para eliminar a poluição do ecossistema é denominada de: