A traqueostomia interfere diretamente na fase faríngea da deglutição, na qual o rebaixamento e a posteriorização da laringe têm importância fundamental para evitar aspiração.

No início da deglutição, o osso hioide desloca-se para baixo e para trás, contraindo os músculos tíreo-hióideos que aproximam a laringe do osso hioide de forma sincronizada; todo esse processo é afetado pela traqueostomia.

A contração dos músculos tíreo-hióideos faz girar a epiglote para uma posição vertical, porém esse mecanismo fica prejudicado em pacientes traqueostomizados, o que provoca aspiração em razão da diminuição da pressão subglótica.

Com a traqueostomia há um prejuízo no transporte do bolo alimentar, ficando impedido o fechamento do esfíncter esofágico superior, o que leva o paciente à aspiração, já que o paciente traqueostomizado não apresenta reflexo da tosse.

O desvio de ar pela cânula de traqueostomia leva à diminuição da sensibilidade da laringe e das pregas vocais, o que pode fazer que alguns pacientes não percebam resíduos alimentares na laringe e não apresentem reflexo de proteção ao aspirarem os resíduos.