O diagnóstico clínico da infecção hospitalar pode ser substancialmente diferente do diagnóstico epidemiológico.

O diagnóstico da infecção hospitalar deve ser visto como atribuição do médico assistente, e é por esta razão que pode ser usada a busca passiva de casos.

Os critérios utilizados devem ser estritamente seguidos, sem interferência da sensação clínica, a fim de se evitar a obtenção de taxas flutuantes sem justificativa.

Deve-se valorizar a necessidade de um diagnóstico rigoroso e homogêneo, tão importante para o trabalho da CCIH, quanto as características clínicas individuais dos pacientes.

Em situações de maior gravidade dos doentes, como nas UTIs, o médico pode diagnosticar uma infecção - para adotar um procedimento terapêutico - em pacientes com dados insuficientes pelos critérios mais rígidos da CCIH.