Os cistos de Balantidium coli são grandes, esféricos ou ovais, com um grande macronúcleo visível em preparações não coradas.

Em cistos jovens a estrutura interna de Balantidium coli é granulosa.

Os trofozoítos de Balantidium coli são grandes, ovóides, com a extremidade anterior. mais fina.

Os trofozoítos de Balantidium coli apresentam movimentos rotatórios, em parafuso.

A superfície do trofozoíto de Balantidium coli é coberta por fileiras de cílios, espirais e longitudinais.