O cisto do ducto tireoglosso é a mais comum das massas cervicais congênitas, e localiza-se mais frequente, em 80% dos casos, logo abaixo do osso hioide.

A tireoide ectópica cervical geralmente é encontrada fora do trajeto do ducto tireoglosso, o que facilita o seu diagnóstico diferencial com remanescentes deste último.

O higroma cervical faz parte do diagnóstico diferencial dos cistos de origem branquial. Seu aparecimento, ao contrário dos cistos branquiais que se evidenciam mais tardiamente, faz-se ao nascimento em até 75% dos casos.

Uma linha atrófica e avermelhada que se localiza em qualquer ponto entre o queixo e a incisura jugular do esterno, com cordão fibroso subcutâneo associado, corresponde a provável fenda cervical mediana.

Os cistos dermoides podem ser encontrados na linha média do pescoço e confundem-se com cistos do ducto tireoglosso. Geralmente, os cistos dermoides são mais superficiais.