Uma das ações para a concretização da dominação portuguesa no Brasil era a conversão de indígenas ao cristianismo, e isso significava neutralizar a influência do pajé. Os padres jesuítas tiveram papel importante nesse aspecto por assistirem aos doentes, ministrando medicamentos, manipulados por eles mesmos em suas boticas, e alimentos aos pacientes, além de aproveitarem aquele momento para a catequese.