Os fatores microbianos dividem-se em infecção intrarradicular, infecção extrarradicular, subobturações e infiltrações coronárias.

O elevado índice de sucesso do tratamento de dentes com polpas vivas (não infectadas) proporciona suporte à afirmação de que infecções secundárias são a causa mais comum do fracasso endodôntico,

Bactérias na porção mais apical do canal radicular podem assumir uma posição extrarradicular se a raiz for reabsorvida,

O abscesso perirradicular agudo geralmente depende da infecção extrarradicular,

A virulência e a quantidade de bactérias envolvidas, bem como a capacidade do hospedeiro de combater a infecção não são fatores decisivos no desenvolvimento de uma infecção extrarradicular.