Cada Instituto Federal é organizado em estrutura de apenas um campus, com proposta orçamentária semestral, exceto no que diz respeito a pessoal, encargos sociais e benefícios aos servidores, que terá proposta orçamentária anual.

A administração dos institutos federais terá como órgãos superiores o Colégio de Dirigentes e o Conselho Superior. O Conselho Superior, de caráter somente consultivo, será composto pelo Reitor, pelos Pró-Reitores e pelo Diretor Geral do campus central do respectivo Instituto Federal.

Os campi serão dirigidos por Diretores-Gerais, nomeados pelo Colégio de Dirigentes para mandato de 2 (dois) anos, não permitida recondução.

Poderão ser nomeados Pró-Reitores os servidores ocupantes de cargo efetivo da Carreira docente ou de cargo efetivo com nível superior da Carreira dos técnico-administrativos do Plano de Carreira dos Cargos Técnico-Administrativos em Educação, desde que possuam o mínimo de 5 (cinco) anos de efetivo exercício em instituição federal de educação profissional e tecnológica.

Os Pró-Reitores serão nomeados pelo Ministro da Educação.