A atividade enzimática de proteínas intracelulares pode ser avaliada por citometria de fluxo incubando as células com substratos cromogênicos ou fluorogênicos.

O conteúdo total de proteínas celulares pode ser avaliado por citometria de fluxo utilizando corantes protéicos como FITC e hematoporfirina (HP) sem a necessidade da adição de anticorpos específicos.

Genes repórteres como GFP (green fluorescent protein) podem ser utilizados para estudar expressão gênica ou modelos celulares de infecção por diferentes patógenos.

Nos experimentos, devem ser utilizados controles negativos com células que não expressam as proteínas investigadas ou mesmo anticorpos inespecíficos conjugados com a fluorescência em questão.

Os anticorpos monoclonais, utilizados na citometria de fluxo para identificar antígenos ou proteínas são produzidos com de soro total de animais imunizados com os antígenos ou proteínas de interesse.