Geralmente, a lesão está localizada na linha média anterior (aproximadamente em 90% dos casos).

O dinitrato de isossorbida está contraindicado quando a fissura anal for crônica.

Na fissura anal crônica, aconselha-se o tratamento clínico com relaxantes dos esfíncteres anais.

O emprego tópico da nifedipina gel 0,2% produz cicatrização de fissuras anais em apenas 25% dos pacientes, sendo que o diltiazem gel 2%, duas vezes ao dia, produz cicatrização em mais de 95% dos casos.

A toxina botulínica pode ser utilizada para tratamento da fissura anal crônica, bloqueando a terminação nervosa pré-sináptica na junção neuromuscular, o que causa denervação permanente do esfíncter anal.