A coleta de amostras para análise palinológica deve ser realizada somente em rochas carbonáticas.

A coleta de amostras de todos os tipos de organismos, invertebrados, vertebrados e microfósseis é realizada da mesma forma, coletando-se as mesmas quantidades de material.

Os passos da preparação de microfósseis consistem em desagregação da amostra, dissolução com solventes específicos, obtenção e recolhimento da fração fina, catação ao microscópio estereoscópio, armazenamento em células e posterior classificação dos microfósseis.

O uso de capela de exaustão não é necessário para preparação de palinomorfos visto que se utilizam somente ácidos fracos como clorídrico e nítrico.