Após o procedimento de uma necrópsia, deve-se proceder a remoção dos resíduos cadavéricos animais, descartando-os, devidamente colocados em sacos plásticos brancos, próprios para resíduos infectantes, depositando-os em recipiente destinado ao recolhimento, sendo que se deve dispor de freezer, caso os resíduos não sejam imediatamente recolhidos.

As superfícies, as mesas e o piso devem ser descontaminados com produtos, como o hipoclorito de sódio ou o cloreto de benzalcônio, utilizando-se, para isso, um pano úmido, e todo o instrumental deverá ser lavado com desincrustante, para, em seguida, ser descontaminado com degermante apropriado.