O método de desinfecção químico age por ação térmica como pasteurização e termodesinfecção.

Dos métodos de desinfecção, deve-se priorizar os físicos, pois são automatizados e permitem a monitoração dos parâmetros e reprodutividade dos processos.

As soluções cloradas, como por exemplo o hipoclorito de sódio, são usados para desinfecção de materiais metálicos por apresentarem a característica de não serem corrosivos.

A solução de ácido peracético pode ser usada na desinfecção manual de produtos para a saúde semicríticos, entretanto é contra indicado para os produtos de assistência ventilatória.

A desinfecção de produtos para a saúde pode ser classificada conforme seu espectro de ação em alto, intermediário ou baixo nível. A desinfecção de alto nível elimina bactérias vegetativas, vírus lipídicos, mas não elimina micobactérias ou esporos.