A classificação institucional agrupa as despesas públicas conforme as instituições autorizadas a realizá-las, relacionando os órgãos da Administração Pública Direta ou Indireta responsáveis pela dotação aprovada. Não há padronização de estrutura do classificador institucional para toda a Federação. Assim, em determinado Estado ou Município, a codificação poderá ser de três; quatro; cinco dígitos ou mais. São consideradas as principais vantagens da classificação institucional, EXCETO: