Os processos anaeróbios são menos eficientes que os processos aeróbios, visto que as bactérias anaeróbias não utilizam o oxigênio para a oxidação da matéria orgânica e têm menos energia para remoção e crescimento. As bactérias que possuem o crescimento mais rápido são as metanogênicas.

As lagoas de estabilização são exemplos de processos de tratamento de efluente; na lagoa facultativa, ocorre unicamente o processo anaeróbio de tratamento, sendo que a lagoa não recebe luz solar devido aos sólidos no sistema que impede a presença da luz.

Na metanogênese, o único gás gerado pelas bactérias metanogênicas é o metano. E este, por ser mais tóxico que o gás carbônico, não pode ser liberado para a atmosfera sem a queima ou aproveitamento para produção de energia, sendo uma alternativa à sustentabilidade.

No processo anaeróbio de tratamento, as bactérias anaeróbias removem os compostos orgânicos como se fosse em etapas sequenciais, cada bactéria dependendo da eficiência do processo anterior. A sequência dos processos são: acidogênese, acetogênese e metanogênese.

A vantagem do processo aeróbio de tratamento de efluente é que, por ter mais eficiência, atende à legislação quanto ao lançamento do efluente tratado no corpo receptor e não precisa de muita área em comparação aos processos anaeróbios.