NTFS usa 32bits para endereçamento de setores do disco em vez dos 16bits da FAT; No NTFS, não se pode encriptar os dados do disco tornando o sistema mais seguro contra vírus.

NTFS usa 64bits para endereçamento de clusters dentro da partição em vez de 16bits da FAT16; No NTFS, nomes de arquivos e pastas utilizam caracteres Unicode em vez de ASCII.

Com NTFS, é possível compactar pastas e arquivos individuais economizando espaço em disco; Com NTFS, depois de um desligamento incorreto do sistema, basta rodar um scandisk que o sistema será recomposto devido ao log de operações mantido pelo sistema.

No NTFS, o sistema mantém um log de todas as operações realizadas e com isso pode se recuperar mais facilmente depois de um desligamento incorreto; No NTFS, os nomes dos arquivos usam apenas caracteres ASCII e assim se impedem erros de digitação nos nomes dos arquivos e pastas.