As atividades de auditoria que envolvem o campo operacional usualmente executadas são: acompanhamento das unidades de saúde, verificação de denúncias de irregularidades e punição dos órgãos e pessoas responsáveis de acordo com a categoria profissional.

A auditoria em saúde pode ser desenvolvida em vários setores da saúde, porém é um ato privativo do médico auditor.

O processo de auditoria ocorre em todas as instituições prestadoras de serviços de saúde apenas do setor privado, uma vez que não são realizadas auditorias em setores públicos ou serviços conveniados ao SUS.

A auditoria, na Saúde Suplementar, tem objetivo de dar suporte técnico aos gestores para elaboração de pacotes, pareceres de tabelas de taxas e diárias hospitalares, emissão de pareceres técnicos de procedimentos e visitas na rede credenciada, promovendo correções e buscando aperfeiçoamento dos atendimentos.

A função de controlar as ações e serviços de saúde das operadoras e de outros órgãos é da Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA).