O uso de capas plásticas protege o microscópio contra a ação de fungos quando o equipamento não está em uso.

Quando o microscópio não estiver em uso, seu armazenamento deve ser feito, preferencialmente, em sala com controle da umidade relativa do ar.

Após a utilização da objetiva com óleo de imersão, a lente deve ser limpa com tecido ou papel adequados para lentes, passando-se o papel suavemente somente em um sentido.

Algumas soluções solventes, como xilol, são adequadas para a limpeza da lente, caso o óleo de imersão seque na objetiva.

As lentes oculares devem ser cuidadosamente removidas, limpas com uma haste flexível com ponta de algodão umedecida em água destilada e, então, secas com algodão.