A ANATEL é uma autarquia especial com independência administrativa, autonomia financeira e que não se subordina hierarquicamente a nenhum órgão de governo. Entretanto, é possível questionar sua total autonomia em relação ao Poder Executivo, uma vez que o presidente-executivo da agência, que também preside o Conselho Diretor, é nomeado pelo presidente da República com aprovação do Senado Federal.