A natureza de fundação especial conferida à Agência é caracterizada por dependência administrativa, ausência de subordinação hierárquica, mandato fixo e estabilidade de seus dirigentes e autonomia financeira.

A Agência terá como órgão máximo o Conselho Diretor, devendo contar, também, com um Conselho Consultivo, uma Procuradoria, uma Corregedoria, uma Biblioteca e uma Ouvidoria, além das unidades especializadas incumbidas de diferentes funções.

A Agência atuará como autoridade legislativa independente, assegurando-lhe, nos termos desta Lei, as prerrogativas necessárias ao exercício adequado de sua competência.

A Agência poderá requisitar, com ônus, servidores de órgãos e entidades integrantes da administração pública federal, estadual e ou municipal, direta, indireta ou fundacional, quaisquer que sejam as funções a serem exercidas em caso de necessidade.