A presença de lesão estrutural pulmonar dificulta a efetividade do tratamento clínico.

As bases do tratamento cirúrgico estão no controle da doença estrutural, reduzindo a população dos bacilos, atuando como adjuvância ao tratamento antimicrobiano.

Caso o paciente apresentasse infecção por M. abscessus ao invés de MAC, o tratamento cirúrgico combinado com o clínico seria a única forma de controle da doença, baseado em estudos retrospectivos.

O paciente deve passar por tratamento clínico pré e pós-operatório por tempo estendido.