A produção em ambiente controlado impede o cultivo orgânico de alimentos.

O sistema de cultivo em camadas sobrepostas otimiza o uso do espaço urbano e permite a produção controlada de alimentos com menor consumo de água e reduzida necessidade de pesticidas.

O cultivo vertical não permite a produção de vegetais folhosos, limitando-se apenas a tubérculos.

O consumo energético da agricultura vertical a torna mais prejudicial ao meio ambiente que a agricultura tradicional.

A agricultura vertical só é viável em países desenvolvidos devido ao alto custo de implementação e manutenção.