No Linux, entre os métodos de autenticação permitidos, é possível utilizar a autenticação por PAM (Pluggable Authentication Modules) sem a possibilidade de utilizar LDAP para esse método. Essa autenticação deve, por default, ser configurada para acessar o diretório /etc/shadow, uma vez que o postmaster é, a partir da versão 9.1, executado como administrador do sistema.

Na instalação do PostgreSQL no Linux, é necessário informar ao sistema como encontrar as bibliotecas compartilhadas por meio da diretiva LD_LIBRARY_PATH = . Essa configuração deve ser mantida também depois da instalação no arquivo postgresql.conf, para que, quando o PostgreSQL estiver em execução, seja possível realizar o fork do processo postmaster.

O PostgreSQL permite a autenticação de pares (peer) no Linux por meio do uso de mapas para descrever as conexões e elações de confiança entre servidores. Tais configurações devem ser realizadas no arquivo pg_service.conf, com uma inha para cada conexão individual.

No Linux 2.4 e em versões posteriores desse software, o comportamento padrão de memória virtual não é o ideal para o PostgreSQL, pois o sistema operacional poderá interromper o postmaster caso o sistema fique sem memória virtual. Uma maneira de evitar esse problema é executar o PostgreSQL em uma máquina na qual os outros processos não vão deixá-la sem memória ou ainda aumentar o espaço de swap do sistema operacional.

O PostgreSQL oferece criptografia em vários níveis de campos, tabelas, bancos de dados e de partições inteiras. Se for instalado no Linux, o PostgreSQL somente realizará a criptografia de campos e tabelas, devido à proteção nos sistemas de arquivos do Linux.