A impressão digital de DNA tem como base o polimorfismo de sequências, leves diferenças genéticas entre os indivíduos, 1 pb em cada 1.000 pb, em média.

As Repetições Curtas em Tandem (STRs) presentes no DNA podem ser amplificadas via PCR (Reação em Cadeia da Polimerase), gerando um perfil genético exclusivo para cada indivíduo analisado.

A técnica de RFLPs (Polimorfismo de Tamanho de Fragmentos de Restrição) se baseia na utilização de enzimas de restrição, que produzem fragmentos de DNA com tamanhos diferenciados de acordo com a sequência nucleotídica de cada indivíduo analisado.

A detecção de RFLPs (Polimorfismo de Tamanho de Fragmentos de Restrição) é a técnica atualmente mais utilizada como marcador genético molecular.