MO é uma técnica mais versátil, apesar de oferecer aumentos menores que MEV. Isto porque é possível observar amostras metálicas ou isolantes. Já MEV só permite observar amostras metálicas.

MO trabalha até aumentos de até 1000X enquanto MEV trabalha somente em aumentos maiores, atingindo assim profundidade de foco maior.

Amostras metálicas podem ser observadas em MO com aumentos de até 1000X. No entanto, para que estas amostras sejam observadas em aumentos maiores no MEV, será sempre necessária uma preparação metalográfica especial.

Ambas as técnicas são usadas na observação da superfície de metais, mas MO tem profundidade de foco menor que MEV em aumentos equivalentes.

O contraste obtido em MO e em MEV, no modo de elétrons retro-espalhados, são proporcionais ao número atômico médio do material analisado. MEV é mais vantajoso, no entanto, porque atinge maior aumento e profundidade de foco.