O veterinário deve estar atento à classificação dos agentes patogênicos infecciosos primários, infecciosos oportunistas e infecciosos mistos a serem pesquisados no programa sanitário, visto que esse fator poderá indicar a probabilidade da infecção ou a prevalência do agente infeccioso na colônia.

A frequência de amostragem dos animais para análise sanitária é fixa e independe de fatores tais como importância do agente e tipo de instalação e equipamentos onde os animais são mantidos.

O uso de animais-sentinela, em contato com a colônia a ser monitorada, é um método eficaz para compor o programa de controle da qualidade sanitária, sendo que, para isso, os animais-sentinela devem ser previamente testados, a fim de assegurar que não possuem os agentes infecciosos que se procura detectar na colônia investigada.

O monitoramento genético e sanitário faz parte do controle da qualidade de animais de laboratório, embora o controle físico-químico do ambiente seja opcional para a manutenção de animais SPF (Specific pathogen free).

O controle de vetores é de grande importância para as áreas do criatório animal, e, para assegurar sua eficácia, as salas de animais devem ser incluídas no controle de pragas.