Caracteriza-se pelo acometimento segmentar, assimétrico e transmural de qualquer porção do tubo digestivo, da boca ao ânus.

Apresenta-se principalmente de forma inflamatória, fistulosa e/ou fibroestenosante.

Os segmentos do tubo digestivo mais acometidos são íleo, cólon e região perianal.

O método preferencial para o diagnóstico é a colonoscopia com duas biópsias de cinco sítios distintos, incluindo o cólon.