A Giardia lamblia pode determinar diarreia crônica mesmo em pacientes imunocompetentes.

Crianças desnutridas, imunodeficientes e portadoras de HIV podem não autolimitar infecções entéricas por protozoários, como Cryptosporidium, Cyclospora e Isospora.

Doença celíaca entra no diagnóstico diferencial, principalmente em casos de pacientes com comprometimento no ganho pôndero-estatural.

A diarreia crônica funcional é comum em crianças e apresenta-se com apetite preservado e estado nutricional normal.

A doença inflamatória intestinal pediátrica é rara e deve ser lembrada apenas em casos de diarreia crônica com presença de sangue nas fezes.