A limpeza da superfície dos equipamentos odontológicos deve ser realizada com água e sabão alcalino e a desinfecção, com álcool 70%.

Para minimizar a contaminação nas superfícies e em áreas vulneráveis, como os botões de acionamento dos diferentes equipamentos, sujeitos a danos elétricos, sugere-se o recobrimento dessas superfícies com campos de algodão esterilizados, para procedimentos cirúrgicos, e a aplicação de barreiras impermeáveis durante a realização de procedimentos clínicos.

Estudos indicam que desinfetantes à base de dióxido de hidrogênio têm apresentado bons resultados na prevenção e (ou) na eliminação de biofilmes já instalados nas linhas de água dos equipamentos odontológicos, sendo que protocolos diários devem ser estabelecidos.

Acerca da limpeza do chão, em caso de presença de matéria orgânica, o protocolo indicado é aplicar solução de peróxido de hidrogênio a 0,05% sobre a matéria orgânica e aguardar um minuto, remover com auxílio de papel-toalha ou pano, que deve ser descartado, e proceder à limpeza com água e sabão.

Não se recomenda que campos e aventais cirúrgicos utilizados em procedimentos odontológicos sejam encaminhados a uma lavanderia hospitalar, para que não haja risco de sua contaminação com bactérias multirresistentes, frequentemente encontradas nesses ambientes.