Na conservação de fezes para pesquisa de amebas, por exemplo, deve-se utilizar o resfriamento e secagem do material, já que as amebas não são sensíveis ao frio.

A coleta de fezes não requer jejum do paciente nem restrição de alimentação. As amostras de fezes podem ser de consistências diversas e isso não é impeditivo para a realização do exame parasitológico.

As amostras diarreicas e liquefeitas não devem ser aceitas pelo laboratório, é necessário esperar normalizar a consistência das fezes para a coleta da amostra.

São métodos indicados na rotina de colheita para protozoários: colheita por sonda retal, tubagem duodenal e raspagem de ulcerações retais.