no JBoss EAP 5 a arquitetura de carregamento de classe era baseado nos JBoss Modules, mas no JBoss EAP6, o carregamento de classe é hierárquico, ocultando as classes de implementação do servidor e carregando apenas as classes que o aplicativo necessita.

no JBoss EAP 5, o servidor podia ser executado em um managed domain, mas no JBoss EAP 6 executa como um servidor autônomo, permitindo configurar todos os grupos dos servidores de uma só vez, mantendo as configurações sincronizadas por toda a rede de servidores.

o JBoss EAP 5 usava perfis baseados na configuração de implantação, localizados no diretório EAP_HOME/ configuration/. No JBoss EAP 6, a configuração da implantação é feita usando um arquivo e um servidor autônomo, que é configurado usando o arquivo EAP_HOME/domain/server/domain.xml.

no JBoss EAP 6 a fonte de dados é configurada no arquivo de configuração do servidor. Caso a instância do JBoss EAP estiver sendo executada como servidor autônomo, a fonte de dados é configurada no arquivo standalone/ configuration/standalone.xml.

o JBoss Messaging passou a ser incluído no JBoss EAP 6, já que o JBoss EAP 5 usava o HornetQ como provedor messaging.