Uma desvantagem de se utilizarem os retrovírus como vetores é o fato de que a maioria deles mata as células, produzindo poucos vírions.

No caso de se utilizarem os adenovírus como vetores, a vantagem está no fato deles integrarem seus genomas ao da célula hospedeira, tornando a expressão da proteína de interesse muito mais estável.

Só existe um promotor constitutivo disponível para todos os vetores virais, o que facilita o desenho experimental.

A vantagem de se utilizarem os retrovírus está no fato de que alguns deles, como o vírus da leucemia murina (MLV), possuem uma ampla gama de hospedeiros, permitindo a transdução de muitos tipos celulares.

A introdução dos vetores virais em células de mamíferos só pode ocorrer por meio de transferência direta do DNA genômico viral, e não por meio de infecção viral, pois os capsídeos virais são sempre modificados para permitir um maior controle dos vetores virais no ambiente.