Como autarquia que integra a administração indireta do estado do Espírito Santo, o IPAJM possui personalidade jurídica de direito público interno e autonomia administrativa, financeira e patrimonial, em relação ao Poder Executivo.

Constatada a existência de deficit técnico atuarial, o presidente- executivo do IPAJM terá a iniciativa de remeter diretamente ao Poder Legislativo projeto de lei propondo alteração das alíquotas de contribuição, as quais só poderão ser majoradas para acompanhar a alíquota de contribuição mínima praticada pela União aos seus servidores.

A estrutura administrativa do IPAJM constitui-se de uma presidência executiva, um conselho administrativo e um conselho fiscal, cuja estrutura organizacional será estabelecida por decreto do chefe do Poder Executivo.

O presidente executivo do IPAJM deverá ter nível de escolaridade superior e será nomeado pelo governador, após a aprovação de seu nome pela maioria absoluta dos membros da Assembleia Poder Legislativa do estado.

O Conselho Administrativo, o órgão de deliberação e orientação superior do IPAJM, é composto por seis membros efetivos e seus respectivos suplentes, todos escolhidos entre os segurados com formação superior nas áreas de administração, economia, finanças, contabilidade e direito, indicados e nomeados pelo secretário de Estado da Fazenda, a quem o IPAJM se vincula.