O excesso de manipulação não deve introduzir artefatos ou destruir completamente a informação espectral da amostra.

Antes de se efetuar qualquer manipulação é interessante guardar uma cópia do espectro original, e anotar as manipulações efetuadas, para que o leitor tenha ciência das alterações e não incorra em falsas interpretações espectral.

De preferência deve-se utilizar a unidade de absorbância para qualquer manipulação de espectro, pois esta unidade é usada para análise quantitativa.

A manipulação espectral visa detectar a aparência e extrair mais informações do espectro, logo a manipulação deve ser aplicada apropriadamente, melhorando o perfil de um espectro de boa qualidade.

Os programas de normalização, correção de linha base e alisamento de espectro são considerados programas de manipulação espectral, em um espectrômetro de IR.