FAT32 e NTFS possuem suas características, vantagens e desvantagens, não sendo compatíveis, entretanto, com todos os sistemas operacionais: a partição FAT é reconhecida completamente (leitura e escrita) apenas nos sistemas operacionais Windows NT, Windows 2000 e Windows XP, enquanto a partição NTFS é reconhecida por todos os sistemas operacionais da Microsoft, exceto o Windows 95 e as versões antigas do MS-DOS.

O tamanho máximo de uma partição com FAT16 é de 2048 Gigabytes, o que permite formatar qualquer HD atual em uma única partição. Quando uma partição de FAT32 é convertida para FAT16, é normal uma diminuição de 30% a 40%, porém, sistemas operacionais, tais como Windows NT 4.0, Windows 2000 e versões recentes do UNIX/Linux, não são capazes de acessar partições formatadas com FAT16.

O EXT2 passou a ser efetivamente suportado pelo kernel do Linux a partir da versão 2.8. O EXT2 trouxe alguns recursos importantes, sendo o principal deles o sistema de tolerância a falhas, que mantém um log de todas as operações realizadas. Quando ocorre qualquer falha, o sistema consulta as últimas entradas do log, para verificar exatamente em qual ponto houve a falha e corrigir o problema automaticamente.

A formatação física feita pelo fabricante de disco rígido gera um HD dividido em trilhas, setores e cilindros. Para que esse disco possa ser reconhecido e utilizado pelo sistema operacional é necessária uma nova formatação, a formatação lógica, que consiste em escrever no disco a estrutura do sistema de arquivos utilizada pelo sistema operacional em questão.

Apesar do UNIX/Linux oferecer suporte a NFTS, a partir da versão 2.4.7, tanto para leitura quanto para escrita, ainda não tornou disponível os serviços de Reparse Points, nos quais arquivos e pastas, dentro do sistema de arquivos, podem ter ações associadas a eles, de forma que operações particulares a estes arquivos possam ser executadas, como também a distribuição de quotas de discos, para determinar o espaço em disco disponível a um usuário ou a um grupo de usuários.