A obstrução das vias biliares extra-hepáticas é caracterizada na maioria das vezes, entre outras coisas, por acúmulo de pigmento biliar nas células parenquimatosas, degeneração plumosa de hepatócitos e infiltrado inflamatório linfocítico portal predominante. Ductos biliares intra-hepáticos são poupados.

Na sepse podemos observar, na interface entre o parênquima e os tratos portais, ductos biliares dilatados contendo tampões biliares, achatamento ou descamação das células que revestem esses ductos e infiltração por polimorfonucleares. Essas alterações têm importância prognóstica e podem preceder o desenvolvimento do choque.

A marca registrada histológica de colangite esclerosante é o influxo de neutrófilos periductulares, diretamente para o epitélio e a luz de pequenos ductos biliares, granulomas e uma taxa de ducto biliar por trato portal menor do que 0,5.

Na cirrose biliar primária a distribuição da agressão inflamatória para um dado ducto biliar é igual em toda a sua extensão. Outro aspecto de cirrose biliar primária é a assim chamada “lesão florida de ducto biliar”, que é caracterizada por hiperplasia reativa dos ductos biliares.