O farmacêutico tem grande importância na comissão de infecção hospitalar dentro de um hospital público ou privado. A atuação dele na prevenção e controle da infecção hospitalar dá-se orientando e executando processos de desinfecção e esterilização de materiais biológicos, além de fazer o fracionamento dos medicamentos em clínicas especializadas.

A taxa de pacientes com infecção hospitalar é calculada tomando como denominador o número de doentes que apresentaram infecção hospitalar no período considerado e, como numerador, o total de saídas (altas, óbitos e transferências) ou entradas no período.

O farmacêutico tem um importante papel no controle de infecções hospitalares. Entre suas funções está a de identificar a contaminação de medicamentos. Existem dificuldades para a identificação de surtos por contaminação de medicamentos, em decorrência de suas características epidemiológicas e, principalmente, da inexistência de protocolos específicos que permitam a caracterização e o estudo. Em relação a esse tipo de contaminação denomina-se contaminação intrínseca a contaminação que ocorre na indústria, sendo geralmente disseminado no tempo, espaço e entre várias instituições.

A taxa de infecção hospitalar é calculada tomando, como denominador, o número de episódios de infecção hospitalar no período considerado e, como numerador, o total de saídas (altas, óbitos e transferências) ou entradas no mesmo período.

A taxa de infecções hospitalares por procedimento é calculada tendo, como numerador, o total de pacientes submetidos a um tipo de procedimento de risco e, como denominador, o número de pacientes submetidos a esse mesmo procedimento e que desenvolveram infecção hospitalar.