O objetivo maior desse Sistema de Informações é o registro e o processamento dos dados sobre agravos de notificação em todo o território nacional, fornecendo informações para a análise do perfil de morbidade e contribuindo, dessa forma, para a tomada de decisões em níveis municipal, estadual e federal.

O SINAN pode ser operacionalizado no nível administrativo mais periférico, ou seja, nas unidades de saúde, seguindo a orientação de descentralização do SUS. Caso o município não disponha de computadores em suas unidades, o SINAN pode ser acessado nas secretarias municipais, regionais de Saúde e/ou Secretaria Estadual de Saúde.

Caso não ocorra nenhuma suspeita de doença, as unidades precisam preencher o formulário de notificação negativa, que tem os mesmos prazos de entrega. Essa é uma estratégia criada para demonstrar que os profissionais e o sistema de vigilância da área estão alertas para a ocorrência de tais eventos e para evitar a subnotificação.