A mancha-angular, causada pelo fungo Colletotrichum gossypii, e uma das principais doenças que incidem sobre a cultura do algodoeiro no Cerrado brasileiro, sendo responsável por grandes danos econômicos graças à sua rápida disseminação e difícil controle. A disseminação é feita principalmente pelo vento, água, insetos, animais, homens e sementes. A prevenção da disseminação e a ocorrência da doença, o controle deve ser feito, predominantemente, por meio do uso de sementes livres do patógeno e de cultivares resistentes.

A ferrugem-do-algodoeiro é causada pelo fungo Phakopsora gossypii. Essa doença está presente em algumas regiões produtoras de algodão e geralmente ocorre no final da estação de cultivo. A disseminação se dá por meio do vento. Como medida de controle pode-se adotar a eliminação dos restos culturais com o objetivo de diminuir a fonte de inóculo, o plantio de cultivares mais precoces e rotação de cultura, além do controle químico.

A mancha-de-alternaria é causada por fungos do gênero Alternaria spp. Essa doença provoca lesões foliares, e o período de maior incidência e importância corresponde à fase compreendida entre o florescimento e a frutificação. Como medida de controle recomenda-se utilização de cultivares resistentes, rotação de cultura, destruição de restos-culturais, uso de sementes sadias e tratadas, além do controle químico.

A mancha-de-stemphylium, causada pelo fungo Stemphylium solani, é uma doença que pode causar grandes danos econômicos à cultura do algodoeiro quando o patógeno incide sobre uma cultivar suscetível. A medida de controle mais eficaz para esta doença é a utilização de cultivares resistentes.